Aikido založil Morihei Ueshiba. Narodil se 14. prosince 1883, byl slabší konstituce, často nemocný a velmi nervózní. Již od mladých let byl silně přitahován k náboženství. Jeho rodiče ho povzbuzovali a podporovali v jeho fyzických aktivitách, jako například sumo či plavání, aby se rovnoměrně vyvíjel.
Ve dvaceti letech odešel do Tokia a po večerech studoval staré techniky ju jitsu školy Tenshin, kterou vedl mistr Tozawa. Souběžně s tím cvičil kenjutsu školy Shinkage. Potom vážně onemocněl a byl rozhodnut vyléčit se, aby jeho tělo bylo opět zdravé a silné. Věřil, že tréninkem se vyvíjí jeho fyzická kondice a síla. Byl malé postavy (154 cm) a byl velmi silný. Ale sám s fyzickou sílou nebyl spokojen a dále studoval školu Yagyu od M. Tsuboie, Goto ha Shihgan ryu v Sakai. Dále pak také cvičil judo v Tanabe. V roce 1903 mistr Ueshiba vstoupil do armády. Velmi rychle si osvojil všechny druhy cvičení a zvláště pak juken jutsu (boj s bajonetem).
V únoru 1915 během jedné cesty se setkal s mistrem Daito ryu Jujutsu Sokaku Takedou a začal u něj studovat. Poté získal certifikát opravňující vyučovat tento styl. Od listopadu 1919 se setkal s mistrem Onisaburem Deguchim, duchovním vůdcem sekty Omoto kyo.
V roce 1920 otvírá v Ayabe školu jujutsu. A dále studoval pod vedením Deguchiho. S ním podnikl výpravu do Mongolska, kde probíhala čínsko japonská válka, aby tam založili Království míru. Jejich pokus se nezdařil a na několik měsíců se dostali do vězení čínské armády. Po návratu do Japonska pokračoval s daleko větší intenzitou ve studiu Budo. Věnuje se své koncepci umění spojujícího ducha a tělo, aikibujutsu. Dne 27.6.1921 se narodil Kisshomaru Ueshiba.
V roce 1925 mistr Ueshiba přejmenoval svůj styl na aikibudo. Dále pak v roce 1927 se s rodinou odstěhoval do Tokia, kde založil nové dojo. V dalších letech studoval kendo a zároveň vedl lekce v mnoha regionech. Byly prováděny ukázky nového bojového umění, které se stalo známé po celém Japonsku. V roce 1942 zaregistrovalo japonské ministerstvo školství název aikido. Mezi léty 1942 a 1945 zakládá mistr Ueshiba v Iwamě svatyni aiki a nové cvičební centrum.
Od padesátých let začíná šíření aikida po celém světě. Hlavní vedení Aikikai se vrací do Tokia, kde začíná cvičit stále více zahraničních studentů. Morihei Ueshiba cestoval po celém Japonsku a v roce 1961 navštívil Havaj ve Spojených státech. V šedesátých letech se aikido stalo jedním z nejpopulárnějších bojových umění v Japonsku a zvýšil se zájem světa o novou disciplínu. 26. dubna 1969 Morihei Ueshiba umírá.
Po jeho smrti je jeho syn Kisshomaru Ueshiba jmenován titulem Doshu. V 70. a 80. letech pokračuje šíření aikida po celém světě. Tomuto bojovému umění se začíná věnovat dosud nebývalé množství lidí. Zároveň s tím vznikají různé organizace, různé styly, různá zaměření. Po celém světě působí desítky samostatných organizací aikida, více či méně spolupracujících.
V roce 1999 umírá Kishomaru Ueshiba a novým Doshu se stává jeho syn Moriteru Ueshiba. S nástupem nového tisíciletí a jmenováním nového Doshu přichází i nový přístup v oficiálním postoji Aikikai Hombu Dojo k národním organizacím mimo Japonsko. Aikikai Hombu Dojo oficiálně uznává více než jednu národní organizaci v jedné zemi a tím i možnost, aby v jedné zemi působil oficiálně více než jeden Shihan* (vedl semináře a působil jako zkušební komisař). Tato až neuvěřitelná změna ve vztazích s ostatními signalizuje značnou modernizaci Aikikai Hombu Dojo.
* Shihan – formální titul, mistr instruktor